새소식

Home > INFORMATION > 새소식

김상우 교수, 김준호 박사 연구논문 한빛사 추천 논문으로 소개

관리자 ( admin )

논문:

 

Junho Kim, Ju Heon Maeng, Jae Seok Lim, Heyonju Son, Junehawk Lee, Jeong Ho Lee and Sangwoo Kim*: Vecuum: identification and filtration of false somatic variants caused by recombinant vector contamination, Bioinformatics (2016) 32(20): 3072-3080.

2016년 발표된 김상우 교수, 김준호 박사의 Bioinformatics 논문이 BRIC에서 운영하는 한빛사 추천논문으로 등록되었습니다.

 

본 논문은 샘플 내 존재하는 vector contamination 의 발견과 이를 해결하는 새로운 알고리즘을 발표하였고, 새로운 사실 발견 및 기술적 진보를 인정받아 F1000Prime에서 추천논문으로 선정된 바 있습니다.

 

F1000Prime 논문 소개:

 

This is a very interesting paper that presents software to identify vector-contamination by inserts that are variable, not just the usual  contamination by known vectors of fixed sequence. The background is that when a vector gets integrated into a sequence and linearized, the fixed vector part may be adjacent to a variable sequence segment that was put (with different mutations) into the cloning vector. Such variations may be misinterpreted as bona fide low frequency mutations, especially in the setting of cancer sequencing studies that look for low-frequency somatic mutations in bulk samples. Thus, the authors' method can be used to distinguish somatic mutations in the host DNA from variation in the sequencing reagents that get sequenced along with the sample DNA. The general idea of the method is to identify sequence matches to known vectors, using BWA, and then look at the exon junction patterns in the adjacent sequences to see if they are skewed. In this paper, Figure 1 is "worth more than a thousand words" and readers should start at Figure 1 to understand the innovative problem formulation done by the authors.

 

한빛사 추천논문 링크

http://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=hbs_treatise&id=48454&ttype=2&idauthorid=23677

원논문

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/20/3072.full

F1000Prime 사이트

http://f1000.com/prime/726447850

 

 


 

새소식
번호 제 목 작성자 작성일 조회수
2017 연세의대 의생명과학부 하계 학생 실험 워크샵 개최... 관리자 2017.06.12 102
천재희 겸무교수님 <제50회 유한의학상> 대상 수상... 관리자 2017.04.26 62
백순명 교수님 <2017년 호암상> 수상자 선정 관리자 2017.04.13 93
2016년 스승의 날 기념 행사 관리자 2016.05.13 324
2016 연세의대 의생명과학부 하계 학생 실험 워크샵 개최... 관리자 2016.05.11 428
2016 연세의대 진로선택박람회 참가(2016/5/10) 관리자 2016.05.11 360
21 김상우 교수, 김준호 박사 연구논문 한빛사 추천 논문으로 소개 관리자 2016.12.21 201
20 이정수 박사 연세유전체센터 임용 관리자 2016.12.13 261
19 이신정 연구조교수 미래부 연구과제 선정 관리자 2016.11.22 240
18 윤영섭 교수 보복부 첨단의료기술개발사업 연구과제 선정 관리자 2016.11.22 206
17 성학준 교수 미창부 원천기술개발사업 과제 선정 관리자 2016.11.22 212
16 송재진 교수 범부처신약개발사업단 과제 선정 관리자 2016.10.26 173
15 김상우 교수, 김준호 박사, 연구 논문 Bioinformatics 게재 관리자 2016.10.11 182
14 황혜경 연구원 미국 소화기학회에서 Travel Award 수상 관리자 2016.08.29 153
13 김상우 교수, 양인석 박사, 연구 논문 BMC Genomics 게재 관리자 2016.08.18 171
12 유지환 교수 패혈증 사망률 낮출 새 치료법 발견 관리자 2016.07.07 234
게시물 검색 검색